Conchiglie provenienti da diverse parti del mondo, immagini di fitoplancton, spugne, crostacei, ricci di mare e un grande acquario mediterraneo: sono queste le collezioni del settore biologico del Museo, la cui missione è promuovere la conoscenza della costa e del mare pontino. Il percorso naturalistico comprende anche l'esposizione di fossili del territorio e immagini virtuali che consentono di immaginare la vita del Quaternario, nonché un'importante sezione di archeologia classica. Ben documentate sono le attività umane legate al mare, con la ricostruzione del relitto di una nave romana affondata a largo di Sabaudia e l'esposizione di anfore, vasellame e attrezzature di navigazione, ma anche di materiali, come anelli e monete, che dal mare traggono un'ispirazione artistica. L'ultimo frammento della più grande foresta di pianura italiana è tutelato dal Parco Nazionale del Circeo, che include l'omonimo promontorio calcareo. Più vicino al mare, una lunga duna costiera separa il litorale da quattro laghi salmastri, ricchissimi di pesci e uccelli acquatici. A Sabaudia, presso la sede del Parco, sono attivi un Centro Visite e un Museo Naturalistico.