Divisa in più sale, la sezione naturalistica del museo mostra gli aspetti ambientali salienti del territorio: le caratteristiche dei pollini e della vegetazione, gli insetti locali, le fioriture di orchidee, la storica presenza del capovaccaio, il più piccolo fra gli avvoltoi italiani. Notevole rilievo è dedicato alla faggeta e ai boschi in generale, il cui legname era utilizzato per la lavorazione dell’alunite e la cui gestione era strettamente regolamentata.